この３つのモードでは、海・空・水中それぞれが舞台となったミッションをプレイします。このモードでは、「ストーリー」モードには無かった日本海軍を指揮してのミッションが登場します。 ・巨大戦艦への攻撃 日本海軍の戦艦扶桑を指揮し、米軍艦船と戦い、外洋へ脱出せよ。 日本初の超弩級戦艦扶桑を操舵し、敵艦隊を叩き潰せ！ 後半には応援として扶桑型２番艦である戦艦山城が戦闘に加わる。 ・偉大なる大和 ミッドウェイの余波が消えない中、偉大なる大和の舵を取れ。 世界最大最強の戦艦で米海軍航空母艦を撃沈せよ。     艦隊戦では、護衛駆逐艦とともに攻撃に突入。世界最大の46ｃｍ主砲で敵艦を討て！ 天一号作戦（沖縄水上特攻作戦）を彷彿とさせる。 敵空母から出撃してきた多数の雷撃機・急降下爆撃機からの猛攻を撥ね退け空母へ46cm砲弾を撃ち込め！ ・ツラギ島防衛 米軍が攻撃しているツラギ島の日本海軍飛行場の指揮権を委ねられた。 ツラギ島を防衛せよ。       零戦で飛行場を敵航空機から防衛、駆逐艦の護衛、造船所の防衛、 敵上陸部隊の殲滅と、複数の任務をこなさなくてはならない。     ・Ｆｏｒｃｅ Ｚへの攻撃 英国はＦｏｒｃｅＺと呼ばれる艦隊をシンガポールの増援のために派遣した。日本海軍の基地に配属されている爆撃機を使い、攻撃・撃沈せよ。       戦闘機、爆撃機で英国戦艦プリンス・オブ・ウェールズ、巡洋艦レパレスなどとの対戦となる。     ・潜望鏡の驚異 撤退中の米艦隊を潜水艦で攻撃せよ。 護衛駆逐艦からの激しい攻撃が予想される。       潜水艦１隻で敵艦隊を沈めなくてはならない。 駆逐艦の動き、魚雷の本数に気をつけながら攻撃しろ！     ・とどめの一撃 ミッドウェイへ向かおうとしている空母エンタープレイズを発見した。 潜水艦でエンタープライズを撃沈せよ。       伊25と伊26の２隻の潜水艦を使いこなし、エンタープレイズを撃沈させよう。海上には魚雷艇・駆逐艦・哨戒機がおり、爆雷を落としてくるので、酸素補給時の浮上には特に慎重な行動が求められる。