全２８のミッションがあり、自軍を勝利に導くために戦っていくことになる。自身で様々な兵器を操り、海戦、空戦、海中戦を制していく。 Battlestations: Pacificではミッドウェイ海戦から沖縄上陸作戦までを追う米軍ストーリーが用意されているだけでなく、真珠湾攻撃から開始される日本軍ストーリーもプレイ可能。もしも日本軍があの海戦で勝利していたら・・・。禁断の歴史の"if"を体験することができるのだ！
ひとくちに「海戦」といっても、対空戦、水上戦など、いくつかのバリエーションがある。じっくりと時間をかけて敵船を沈めた時の達成感はリアルタイムストラテジージャンルならではのものだ。
制空権の確保、味方機の支援や偵察など、空中における作戦戦闘は多岐に及ぶ。比較的近距離での戦闘が多くなるのも特徴のひとつ。
潜水艦は、潜航時に海上の艦船から発見される可能性が低くなる。潜望鏡を駆使し、相手の位置を把握しながらの隠密行動も可能になる。
